《第二基地》讲述了在骡攻占基地之后，骡和第一基地的遗民寻找“谜”一般的第二基地的传奇事迹，共由两个中篇故事组成。“谜”一般的第二基地的存在成了众矢之的，骡要铲除它。，而第一基地的移民为了一个完全不同的理由也必须找到它，但是它究竟在哪里呢？这部故事就是各方人马找寻第二基地的传奇。
骡倾全力寻找并铲除第二基地，却失败了。随后，基地人员也千方百计寻找第二基地，因为他们不愿把建立新帝国的功业拱手让人。谁也没想到，寻找的线索竟维系在一位小女孩身上。十四岁的艾嘉蒂娅怕得要死，她究竟发现了有关第二基地的什么秘密呢？